洁净室按用途可以分，可以分为工业洁净室和生物洁净室。那么，两大洁净室都存在着什么样的差异呢？下面通过表格更加形象的展示，如下：
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比较项目
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工业洁净室
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生物洁净室
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研究对象（主要）
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灰尘、粒子只有一次污染。
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微生物、病菌等活的粒子不断生长繁殖，会诱发二次污染（代谢物、粪便）。
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控制方法、净化措施
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主要是采取过滤方法。粗、中、高三级过滤，粗、中、高、超高四级过滤和化学过滤器等。
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主要是采取：铲除微生物生长的条件，控制微生物的滋生、繁殖和切断微生物的传播途径。过滤和灭菌灯。
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控制目标
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控制有害粒径粒子浓度。
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控制微生物的产生、繁殖和传播，同时控制其代谢物。
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对生产工艺的危害
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关键部位只要一颗灰尘就能造成产品的极大危害。
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有害的微生物达到一定的浓度以后才能够成危害。
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对洁净室建筑材料的要求
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所有材料（墙、顶、地等）不产尘、不积尘、耐摩擦。
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所有材料应耐水、耐腐且不能提供微生物滋生繁殖条件。
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对人和物进入的控制
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人进入要换鞋、更衣、吹风淋。物进入要清洗、擦拭。人和物要分流，洁污要分流。
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人进入要换鞋、更衣、淋浴、灭菌。物进入要擦拭、清洗、灭菌。空气送入要过滤、灭菌。人物分流，洁污分流。
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检查
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灰尘粒子可用粒子计数器检测瞬时粒子浓度并显示和打印。
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微生物检测不能测瞬时值，须经48小时培养才能读出菌落数量。
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